紀元2307年、地球は氷河期に入り、地表を追われた人類は地下に移住した。 そして、自らの代わりに亜北極の気候の中で労働させるため、ミュータントを実験開発し、彼らを奴隷として扱った。 アリゾナ地区にASH-393というカリスマ的リーダーが現れる。 彼はミュータントたちを率いて反乱を起こすと、地下基地を脱出してそのまま雪原の彼方に消えた。 人類側はASH-393を抹殺すべく、対ミュータント特殊部隊の精鋭スパルタン7を送り出す。 そのリーダーは、数々の戦績を誇るミュータント・キラー ビショップであった。 ビショップはミュータントの研究者であった妻マーラをASH-393に殺され、個人的な復讐を果たしたいと思っていた。 ASH-393と仲間たちが潜む地域デッド・ゾーン、そこは一切の電子機器が使用不可能になる辺境地帯だ。 高い戦闘力を誇るスパルタン7だが、ASH-393の前に一人また一人と敗れてゆく。 遂にビショップは自ら、ASH-393との決戦に臨むが───

